全人类被神奇的现象一瞬间石化后过了几千年——拥有超人般头脑、天生的科学少年·千空苏醒了。
在文明遭到毁灭的石头世界里，千空集结新伙伴的力量一起建立“科学王国”，最终目标是用科学的力量复原整个世界。但是，由灵长类最强的高中生狮子王司领导的“武装帝国”却步步为营。旨在净化人类的司试图通过使用强大的力量来阻止科学的发展。
科学 vs 武力的战斗经过激战，千空等人的科学王国占优势，之后两国终于和解。
由于同伴的谋反而处于冷休眠状态的司为了复活全人类，科学王国以石化光线的发生源、地球的背面·新世界作为目标！
冲出世界解开石化之谜！石头世界大航海时代终于开幕——‼
小野友树 梶裕贵 高木涉 樱井孝宏 小野大辅 森川智之 能登麻美子 川岛得爱 志村知幸 石冢运升 丰口惠美 大川透 森久保祥太郎 原纱友里 山口胜平 大原沙耶香 岛村侑 佐藤利奈 千叶繁 坂本千夏 加濑康之 谷山纪章 远近孝一 伊藤静 河西健吾 石井真 鹤冈聪 下和田裕贵 滨田贤二 川田妙子 宝龟克寿 楠见尚己