在太一一行人告别数码世界后，数码世界并没有就此关闭朝向人类的大门，而数码世界的内部却没有太平多少时日，就又开始了纷争。
数码世界急需一批被选中的孩子来维护数码世界和人类世界的和平。太一、阿和、素娜等人都已先后成为了初中生，没有太多精力和时间能够和数码宝贝们一起并肩作战，只有阿武和小光成为了新一代的领头人。被选中的孩子有本宫大辅（木内玲子 配音）、井之上京（夏树莉绪 配音）、火田伊织（夏树惠 配音）等人，和他们一同战斗的除了亚古兽、加布兽等，还有新的数码宝贝参与。于是，在第一代数码人的带领下，新的数码宝贝和守护者们开始了同邪恶势力的作战……
浅野真澄 日野聪 甲斐田裕子 真堂圭 生天目仁美 茅原实里 门胁舞以 浅川悠 赤城进 阪口周平 武田华 斋藤千和 高桥智秋 田边留依 巽悠衣子 五十岚裕美 小清水亚美 藤村步 江川央生 井上穗乃花 高桥未奈美 伊藤静 龟山雄慈 大桥彩香
福山润 古川慎 田村睦心 日冈夏美 松冈祯丞 细谷佳正 田丸笃志 日笠阳子 石原夏织 酒井广大 间岛淳司 小野大辅 西山宏太朗 土岐隼一 伊濑茉莉也 岛崎信长 村瀬步 速水奖