面积占东京都西部1/3、人口超过230万、八成以上由学生组成的学园都市，尖端科技发展迅速，超能力开发已经深入到城市的各个角落。超能力水平高达Level 5的御坂美琴（佐藤利奈 配音）如往常一样和初春饰利（丰崎爱生 配音）、白井黑子（新井里美 配音）等好友过着平凡的日子，间或热血爆发挫败各种扰乱城市的阴谋。某天，在调查一起现今卡事件时她邂逅了长点上机学园的布束砥信（叶山郁美 配音），从而得知用美琴的DNA大批量复制超能力者的“量产型能力者计划”。不安定的气氛在都市角落肆意蔓延……
本片为镰池和马（原作）、冬川基（作画）的原作《魔法禁书目录》的外传漫画第二季TV动画。
小野友树 梶裕贵 高木涉 樱井孝宏 小野大辅 森川智之 能登麻美子 川岛得爱 志村知幸 石冢运升 丰口惠美 大川透 森久保祥太郎 原纱友里 山口胜平 大原沙耶香 岛村侑 佐藤利奈 千叶繁 坂本千夏 加濑康之 谷山纪章 远近孝一 伊藤静 河西健吾 石井真 鹤冈聪 下和田裕贵 滨田贤二 川田妙子 宝龟克寿 楠见尚己